השינוי העיקרי בדגם החדש של ימאהה R1 לשנת 2012 הוא מערכת בקרת אחיזה עם 6 מצבים(לגרסה האמריקאית יש 7 מצבים).
השינוי הבולט ביותר הוא הצביעה החדשה בסגנון MOTOGP וגם פה האמריקאים מקבלים גרסאות שונות של צביעה.
עוד שינויים הם שינוי בעיצוב האגזוז, נורות לד קדמיות ושינויים במערכת החשמל לשיפור היעילות.
